（齐财购备字[2022]00763号）委托检验国家致病菌识别网中的三项检验_招标网

（齐财购备字[2022]00763号）委托检验国家致病菌识别网中的三项检验

信息发布日期：2022.08.12 标签：黑龙江省招标

加入日期：	2022.08.12
截止日期：	2022.08.18
地区：	黑龙江
内容：	技术要求一、采购标的需实现的功能或者目标：根据国家致病菌识别网病原微生物分子分型及微生物全基因组检测的要求进行病原菌分子分型、病原菌全基因组测序、病原菌药敏试验，实现病原菌分子分型、框架图。二、采购标的需执行的国家相关标准、行业标准、地方标准或者其他标准、规范：本采购项目必须满足相关的国家标准和行业

招标公告正文

技术要求

一、 采购标的需实现的功能或者目标：

根据国家致病菌识别网病原微生物分子分型及微生物全基因组检测的要求进行病原菌分子分型、病原菌全基因组测序、病原菌药敏试验，实现病原菌分子分型、框架图。

二、采购标的需执行的国家相关标准、行业标准、地方标准或者其他标准、规范：

本采购项目必须满足相关的国家标准和行业标准。提供相应医疗资质及提供近几年内所承接的致病菌项目（合同或协议）

三、采购标的需满足的质量、安全、技术规格、物理特性等要求：

（一）项目清单

序号	服务名称	主要参数	数量	备注
1	病原菌分子分型	脉冲场凝胶电泳技术	1项
2	病原菌分子分型	MLVA分型	1项
3	病原菌分子分型	MLST分型	1项
4	病原菌全基因组测序	DNA提取	1项
5	病原菌全基因组测序	文库构建	1项
6	病原菌全基因组测序	基因组测序	1项
7	病原菌全基因组测序	基因组框架图	1项
8	病原菌药敏试验	药敏结果（格式Excel）	1项

（二）病原菌分子分型和病原菌全基因组测序

序号	项目	参数项	配置要求	备注
1	总体要求	总体要求	按时完成规定数量的病原菌分子分型，病原菌全基因组测序，完成基因组框架图。
2	病原菌药敏试验	按致病菌识别网的要求	药敏试验结果表格
3	病原菌分子分型	脉冲场凝胶电泳技术	细菌分型
		MLVA分型	可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数、确定基因分型
		MLST分型	多位点序列分析
4	病原菌全基因组测序	DNA提取	满足OD260/OD280在1.7~1.9之间
		文库构建	DNA片段符合要求
		基因组测序	Reads 长度大于100
		下机数据质量	Q30比例≥85%，数据量≥1Gb
5	细菌框架图	组装结果	组装后的基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥100X；Scaffold 个数小于 100 个，细菌框架图
6	售后服务	售后服务	实验记录，可根据项目需要，提供所有实验记录的电子版以供查验
6	售后服务	售后服务	数据交付后，应提供半年时间的免费数据存储

（三）项目实施说明

1、基本要求

（1）病原菌分子分型要求：实现细菌分型，根据成像DNA的大小,确定每一个可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数,再用Bio Numerics进行聚类分析,确定基因分型；

（2）测序质量标准：

具体质控要求如下：

- Reads 长度大于100；

- Q30>=85%；

- 数据量≥1Gb

2 、样品质控与测序

（1）乙方负责对收到的样品进行质控，并将质控信息提供给采购人。

（2）病原菌分子分型，从接收到全部检测样本之日起7个工作日完成检测并交付疾控中心结果和图谱。

（3）病原菌药敏试验，从接收到全部检测合格样本之日起7个工作日完成检测，并交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

（4）病原菌的全基因组序列及框架图，从接收全部检测样本之日起30个自然日内完成检测服务并交付疾控中心序列及框架图。

3 、数据接收与确认

（1）乙方在数据通过验收后，应保存原始数据半年，如甲方需要，乙方需重新交付原始数据。

（2）服务期内，乙方配合甲方要求提供相关的电子版实验记录信息。

4 、质量保证

（1）乙方提供的测序服务，以技术参数中的要求为准，超出正常标准范围的，由乙方承担相关服务成本，不再收取其他费用。

（2）不符合技术参数要求的样品，乙方须对其提供免费的加测或重测服务，并保证达到技术参数要求。

（3）乙方实施的服务期限长于招标文件规定时（以中标人的投标文件为准），出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等等）提供服务。

5 、病原菌分子分型

（1）脉冲场凝胶电泳技术，脉冲场凝胶电泳技术（PFGE）选用识别稀有酶切位点的限制性内切酶切割基因组DNA，获得的DNA片段在外加脉冲电场的低浓度琼脂糖凝胶中分离，产生数量有限的DNA条带。PFGE分型力好、分辨力高、可重复性好、已有成熟的标准化技术方案。

（2）确定多个个中等变异的位点（适合于低、中、高变异的菌株）根据成像DNA的大小,确定每一个可变数目串联重复特异位点的重复单元重复次数,再用Bio Numerics进行聚类分析,确定基因分型。

（3）MLST分型:适用于2022年致病菌识别网上传要求。

6 、病原菌全基因组测序

（1）病原菌全基因组测序的研究策略主要分为DNA 的提取、建库、测序。

核酸提取操作需符合试剂盒说明书的要求，提取后应进行质量测定，核酸质量质控要求如下：

1）OD260/OD280在1.7~1.9之间，OD260/OD230大于2。

2）1%琼脂糖凝胶电泳测定：取5-10μl样品电泳（电压150V，40~50min）。DNA样品应无杂带或拖尾。无蛋白质污染（污染显示为紫外灯下点样孔附近有亮带）。

DNA 的完整性可用具有核酸片段大小检测功能的设备进行测定，如果出现大部分片段在 200bp 以下，说明 DNA 降解严重，需要重新采集和制备样本

根据采用的测序系统的要求确定文库所需的片段化长度范围。根据不同建库试剂盒，可选用物理打断法或酶切打断法。

其中文库质量控制主要包含浓度的质控；浓度围殴采用核酸荧光检测仪检测文库的浓度，建库后浓度满足不同测序仪上机文库的最低浓度标准。上机前需根据不同测序系统对文库浓度的要求进行稀释

测序方法采用边合成边测序的方法，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时将基因组DNA的随机片段附着到光学透明的玻璃表面（即Flow cell），这些DNA片段经过延伸和桥式扩增后，在Flow cell上形成了数以亿计Cluster，每个Cluster是具有数千份相同模板的单分子簇。然后利用带荧光基团的四种特殊脱氧核糖核苷酸，通过可逆性终止的SBS（边合成边测序）技术对模板DNA进行测序

（2）乙方为检测数据提供生物信息学分析，包含检测样品的基因组组装，实现细菌框架图。

原始测序数据指得是通过测序以后产生的数据，其中原始数据包含接头信息，低质量碱基，未测出的碱基（以N表示），这些信息会对后续的信息分析造成很大的干扰，通过精细的过滤方法将这些干扰信息去除掉，最终得到的数据即为有效数据，我们称之为clean data 或 clean reads，该文件的数据格式与Raw data完全一样，具体测序质量控制如下：

a)数据量：PE100 及以上测序，高质量测序数据≥1Gb。最终获得的单菌高质量测序数据需为所测细菌种属基因组长度的 100X 或以上

b)准确度：Q30比例≥85%

c)去接头后连续为N的数据

基因组组装就是把序列测序产生的读取片段reads经过序列拼接组装，生成基因组的序列,基因组组装软件可根据得到的所有读长组装成基因组。

基因组组装可以分为从头组装(De novo assembly) 和映射比对组装(mapping assembly), 从头组装是指不需要依靠任何已知的基因组信息；映射比对组装就是需要把测序序列和参考基因组来比对，找到序列的对应位置再进行组装。

测序产生的短读序列，通常一代和三代的reads读长在几千到几万bp之间，二代的相对较短，平均是几十到几百bp，contig是不同reads之间的overlap交叠区，拼接成的序列就是contig；获得contig之后还需要构建paired-end或者mate-pair库，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺。

组装后的基因组覆盖度≥95%；整体覆盖度≥100X；Scaffold 个数小于 100 个，细菌框架图。

7、 药敏试验

按照致病菌识别网的要求进行药敏试验服务，交付甲方符合致病菌识别网要求的结果格式（Excel）。

8、 售后服务

（1）如检测样品仍有剩余，乙方会按照要求进行返样。

（2）乙方可根据采购人需要，提供所有实验记录的电子版以供查验。

（3）数据交付后，乙方保存原始数据半年，必要情况下，可重新交付原始数据。

（4）质保期内出现任何质量问题（人为破坏或自然灾害等不可抗力除外），由中标人负责全免费（免全部工时费、材料费、管理费、财务费等等）提供服务。服务期满后，中标人应及时优惠提供所需的相关服务。

四、 费用结算

1. 项目费用：

序号	服务内容	单价
1	药敏检测	550元/例
2	病原菌全基因组测序及组框架图测绘	2600元/例
3	PFGE及胶图/MLVA/MLST	620元/例

服务周期：7天

报价方式：价格

评选方式：价格最低

采购成本价：￥329875

服务地址：***

需求文件：文件下载1预览1

联系人***

报名结束时间：2022-08-18 00:00

发布时间：2022-08-12 15:40

采购编号：HLJGCYC090199Z20221105897

采购单位：齐齐哈尔市疾病预防控制中心

是否需要上传响应文件：是

供应商资格：一、符合《中华人民共和国政府采购法》第二十二条规定，且已在本系统注册的供应商。
二、落实政府采购政策满足的需求：无。
三、特定的资格要求：无。

异议处理项：如有异议请电话咨询采购人，采购流程问题请咨询平台运营400-660-7735。

报价网址：https://hljcg.hlj.gov.cn/gp-auth-center/login?origin=oauth

地区导航: 华东: 上海　江苏　浙江　安徽　福建　江西　山东

华北: 北京　天津　河北　山西　内蒙古

东北: 辽宁　吉林　黑龙江

华南: 广东　广西　海南

西北: 陕西　甘肃　青海　宁夏　新疆

西南: 重庆　四川　贵州　云南　西藏

华中: 河南　湖北　湖南